Besättningen på en ostindiefarare var i början väl tilltagen. En anledning var de många kanonerna som man i början ansåg sig behöva för att kunna freda sig. Kanonerna skulle ju tvunget betjänas vid eventuell fara samtidigt med den övriga skötseln av skeppet. Navigeringen var en annan anledning. Fortfarande under 1700-talet var navigeringen besvärlig och krävde mycket manskap. Men den stora skeppsbesättningen var även avsedd som en buffert mot manbortfall. Dödsfall var inte ovanliga på en ostindiefarare! I synnerhet tropiska sjukdomar skördade sina tribut. Ett skepp beräknades förlora omkring 10% av sin besättning vid en normal seglats. Mot slutet av 1700-talet gjordes många förbättringar på långvägssegling. Bättre kosthållning höll manskapet friskare och navigeringen blev enklare. Antalet kanoner halverades på grund av att farvattnen blev fredligare efter engelsmännens uppresning av sjörövare. En vanlig skeppsbesättning, som i början var på 150 man, hade mot slutet av kompaniets historia sjunkit till blott 40-50 man.
Livet ombord var strävsamt och inte sällan riskfyllt, i synnerhet för dem som seglade för om masten. När vinden friskade i, vågorna gick höga och regnet vräkte ned, var det förenat med livsfara att beträda vanten. Att stå på fotpertar och klamra sig fast vid en rå högt upp i masten, medan stormen rev i seglen och vinden piskade anisktet, blev för några matroser det sista de gjorde i livet. En del föll i havet och drunknade. Andra krossades mot däck. Även i de fall man snabbt fick ut en hjälpbåt i vattnet, för att ta hand om den nödställde, var det oftast för sent. Få var simkunniga på 1700-talet.
Livet ombord var strävsamt och inte sällan riskfyllt, i synnerhet för dem som seglade för om masten. När vinden friskade i, vågorna gick höga och regnet vräkte ned, var det förenat med livsfara att beträda vanten. Att stå på fotpertar och klamra sig fast vid en rå högt upp i masten, medan stormen rev i seglen och vinden piskade anisktet, blev för några matroser det sista de gjorde i livet. En del föll i havet och drunknade. Andra krossades mot däck. Även i de fall man snabbt fick ut en hjälpbåt i vattnet, för att ta hand om den nödställde, var det oftast för sent. Få var simkunniga på 1700-talet.
För att passa upp på lämpliga passadvindar kring ekvatorn, var man tvungen att påbörja utresan under värsta tänkbara period, oftast i december eller januari. När man kom ut i de alltid vindpinade vinterstormarna på Nordsjön frös en del matroser ihjäl. Det fanns inga värmekällor ombord bortsett från kockens spis. Många tvangs arbeta, sova och äta i våta klädesplagg. Kylan och fukten sög livslusten ur matroserna och skapade en god grogrund för en rad sjukdomar, vilket också var det vanligaste skälet till en förtidig död ombord.
Men problemen slutade inte för att man kom till varmare breddgrader. Snarare tvärtom! Ett skepp läcker alltid in vatten i kölen och i det stillastående varma vattnet frodades sjukdomsalstrande mikroorganismer. Djupt därnere hamnade all skräp, matrester, döda råttor, etc som blev till näring för allsköns bakterier. Somliga skepp hade kranar som släppte in havsvatten som blandade ut det unkna vattnet i kölen som sedan kunde pumpas ut i havet. Men det hjälpte bara temporärt och var ganska tidskrävande.
Detta medförde att febersjukdomar var fruktade och allestädes närvarande så snart man kom till tropikerna. De gjorde ingen åtskillnad mellan rik och fattig. Såväl kaptener och präster som matroser och skeppsgossar dukade under. I början av kompaniets tid hade han endast en fältskär per skepp för att behandla sjuka men det utökades snart till att bli tre stycken. Men oftast var de maktlösa och många gånger var det endast turen som avgjorde om man överlevde.
Skörbjugg var ett annat gissel! Det är den bristsjukdomen som förmodligen orsakat flest dödsfall ombord på långvägsseglande skepp i alla tider. Den uppstår när man inte får någon C-vitamin under en längre tid. Förloppet är ett stort lidande innan döden befriar den drabbade. Även om man i århundranden misstänkte att sjukdomen kunde lindras, t o m hindras, genom intag av frukter och grönskare så visste man inte med säkerhet. Dock konstaterade det brittiska amiralitetet att dess flotta hade ett mycket större antal skörbjuggfall än den franske och spanske flottan. Man undersökte anledningen och kom fram till att i de sydländska flottorna innehöll kosten mer av just frukt och grönsaker. Efter egna tester kom man i mitten av 1700-talet fram till att apelsin och citron kunde hålla sjukdomen stången. Vi vet inte i vilken utsträckning denna kunskap fanns hos berörda inom det svenska ostindiska kompaniet. Men det är belagt att åtminstone grönsaker köptes in i större kvantiteter vilket torde betyda att det sannolikt kommit manskapet till godo.
Ett annat gissel för besättningen var provianten som kunde vara mycket enahanda. Det vankades gröt och ärter varje dag och torkad stockfisk, ibland fläsk, varannan dag. Vattnet blev snabbt otjänligt och de tilldelade suparna kunde aldrig bli för generösa i antal. Detta förhållande gällde inte de högre befälen som kunde berika sina matstunder med diverse viner och flerrätters måltider med dessert.
Man hade relativt mycket färskt kött i form av levande djur med sig men det är oklart hur mycket, om ens något, som kom den övriga besättningen till del. Inte heller vet man närmare besked om vilken proviant manskapet kunde förskaffa sig vid de olika strandhuggen.